Zatímco členové Hamásu již rodině Marwana Barghoutiho slíbili, že bývalý vůdce Tanzimu na Západním břehu bude zahrnut v dohodě o výměně vězňů s Izraelem, někteří členové Fatahu by byli raději, kdyby zůstal za mřížemi.
Barghouti je v čele seznamu vězňů, které Palestinská samospráva vyžaduje propustit výměnou za izraelského vojáka Gilada Šalita. Někteří členové Fatahu se obávají, že jeho propuštění by zvýšilo podporu hnutí Hamás. Vysocí představitelé Fatahu se snaží přesvědčit Barghoutiho rodinu, aby podpořila jeho propuštění jako součást komplexnější dohody s Izraelem, tak aby všechny zásluhy nedostal Hamás. Tato islámská organizace je odpovědná za únos Šalita v přeshraniční operaci nedaleko Gazy v červnu minulého roku.
Fatah upřednostňuje Barghoutiho propuštění jako gesto dobré vůle Izraele vůči prezidentovi Mahmúdu Abbasovi.
Barghouti má skvělé vztahy s vůdci Hamásu, měl významné postavení při přijetí dokumentu „palestinských vězňů“, který trval na vytvoření vlády národní jednoty, aby skončily vnitřní spory. Společně s Hamásem také pomohl k příměří mezi znesvářenými palestinskými frakcemi, který bylo vyhlášeno v březnu 2005 v Káhiře.
Někteří vůdci Fatahu se obávají, že by Barghoutiho propuštění odstartovalo změny v straně, které si nepřejí.
V minulosti premiér Olmert řekl, že byl proti Barghoutiho propuštění výměnou za Šalita, ale žádné konečné rozhodnutí nebylo učiněno.
Barghouti byl chycen v dubnu 2002 při operaci Obranný štít v Ramalláhu nedaleko sídla Jásira Arafata. Izraelským civilním soudem byl odsouzen k pěti doživotním trestům za pět vražd a navíc 40ti letům vězení za pokus o vraždu.